A solução para a instalação de muitos desses plugins é... simples, mas não explicada em nenhum dos sites de nenhum deles: instalar primeiramente o mylyn com essa url: http://download.eclipse.org/mylyn/releases/latest
(Eclipse 3.5, 3.6, 3.7). Não entrarei em detalhes sobre para que serve mesmo o mylyn, mas instale ele antes de instalar outros plugins no eclipse e muitos problemas serão resolvidos.